El Cerdanyola FC tiene una historia relativamente corta. Se fundó en junio de 2006, como resultado de la fusión de los cinco grandes clubes de fútbol existentes hasta entonces en nuestra ciudad: Centro de Deportes Cerdanyola, UE Fontetes, EFUD Cerdanyola, CF Baroja y EF Cerdanyolense-Montflorit. La mayoría de estas entidades si tenían por detrás una trayectoria de décadas representando el fútbol de Cerdanyola por toda Cataluña.
La fusión posibilitó la creación de una entidad más potente en todos los ámbitos: a nivel deportivo, con más equipos y una presencia más destacada en el panorama del fútbol catalán; a nivel social, al reunirse las masas sociales de las entidades fusionadas, ya nivel económico, al poder gestionar un presupuesto significativamente superior a los que gestionaban cada uno de los clubs disueltos.
En cuanto a las instalaciones, el club cuenta con los campos del complejo deportivo La Bòbila – Pinetons, ambos de césped artificial y el Municipal de Fontetes.